En odontostomatologie, les antibiotiques sont indiqués dans le traitement des infections buccodentaires, la prophylaxie de l'endocardite infectieuse, la prévention de la diffusion de l'infection et des complications postopératoires infectieuses. La prescription des antibiotiques répond à des règles et tient compte du terrain du patient et des éventuels risques de sélection des bactéries résistantes. Par ailleurs, la fréquence des mycoses buccales à Candida albicans impose au praticien la maîtrise des traitements antifongiques. Là aussi, la résistance de Candida albicans et la multiplicité des thérapeutiques chez certains patients appellent à une vigilance vis-à-vis de la durée du traitement et des interactions médicamenteuses. Enfin, le praticien est amené à prescrire les antiviraux devant les infections virales dues au virus herpétique humain.