Les anticorps antinucléaires sont indispensables au diagnostic des connectivites et des hépatites auto-immunes, mais peuvent être également présents dans des contextes cliniques variés (infections, cancers, etc.). La méthode de référence reste l'immunofluorescence indirecte (IFI) sur cellules HEp-2, qui permet une bonne sensibilité et le dépistage d'un large panel d'autoanticorps. L'interprétation des aspects de fluorescence nucléaire et cytoplasmique, bien que nécessitant de l'expérience, représente la clef de la démarche d'exploration biologique. La reconnaissance d'aspects évocateurs, ou très rares, oriente le biologiste vers des examens complémentaires ciblés. En effet, pour des raisons économiques, les tests de dépistage en phase solide utilisés en routine ne détectent qu'un nombre limité de spécificités antigéniques choisies parmi les plus fréquentes. Enfin, l'aspect de fluorescence aide également à dépister les réactivités inappropriées/faux positifs parfois rencontrées lors de l'utilisation de tests spécifiques. Malgré des tentatives de standardisation, cette méthode faisant appel à la subjectivité des opérateurs souffre d'un manque de reproductibilité. L'automatisation de la lecture en IFI se propose d'harmoniser les résultats inter- et intralaboratoires, et d'améliorer la productivité en discriminant de manière efficace les résultats positifs et négatifs. En outre, les solutions logicielles proposées facilitent l'archivage des images obtenues, et donc le suivi longitudinal du patient et la traçabilité, ainsi que la poursuite des explorations par l'ajout de tests de seconde intention.