La maîtrise de l'empoussièrement des locaux accueillant des patients ou des activités à risque est un élément de la prévention du risque infectieux lié à l'air en établissement de santé. La performance d'une installation de traitement d'air est caractérisée de façon normalisée par des paramètres techniques, notamment la classe de contamination particulaire, à laquelle correspond une classe de contamination microbiologique. Le comptage particulaire et l'évaluation de l'aérobiocontamination sont des outils de qualification des zones à environnement maîtrisé (ZEM) et des indicateurs qualité dans le suivi de leur exploitation. L'évaluation de la contamination microbiologique des surfaces constitue un indicateur de la qualité de l'application des procédures de bionettoyage. Aérobiocontamination et contamination des surfaces sont deux éléments complémentaires dans l'appréciation de la maîtrise de la biocontamination des ZEM. Les contrôles microbiologiques de l'air et des surfaces peuvent également être réalisés de façon ponctuelle pour vérifier l'efficacité de mesures de prévention de la dissémination de contaminants fongiques lors de travaux, pour rechercher et identifier une source environnementale lors d'une enquête épidémiologique, ou à titre pédagogique pour sensibiliser le personnel à la qualité microbiologique de son environnement. Les méthodes les plus utilisées en pratique en milieu hospitalier sont l'aérobiocollecteur pour les prélèvements d'air, et l'empreinte sur milieu gélosé ou l'écouvillonnage humide pour les prélèvements de surface. Leur réalisation doit être standardisée et leurs résultats interprétés en fonction de valeurs cibles, alertes ou actions définies selon la normalisation, la réglementation ou les recommandations. Préalablement à la mise en œuvre de contrôles, chaque établissement élabore sa stratégie de surveillance environnementale après une analyse de risque prenant en compte ses activités, et détermine les modalités d'interprétation et les conduites à tenir en fonction des résultats obtenus.