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Pneumonie et colonisation par Pneumocystis jirovecii : comparaison de la charge fongique dans différents types d’échantillons respiratoires et détermination de seuils de quantification par PCR - 16/09/17

Doi : 10.1016/j.mycmed.2017.04.057 
Esther Gyde 1, 6, , Vincent Jounieaux 2, Jean-Luc Schmit 3, Céline Damiani 4, 5, Anne Totet 4, 5
1 Laboratoire de parasitologie et mycologie médicales, CHU Amiens-Picardie, ministère de la Santé, 80054 Amiens cedex 1, France 
2 Service de pneumologie et réanimation respiratoire, CHU Amiens-Picardie, ministère de la Santé, France 
3 Service de pathologies infectieuses et tropicales, CHU Amiens-Picardie, ministère de la Santé, France 
4 CHU d’Amiens, CHU Amiens-Picardie, place Victor-Pauchet, 80054 Amiens cedex, France 
5 UMR-I 01, centre universitaire de recherche en santé, université de Picardie Jules-Verne, université de Picardie Jules-Verne, chemin du Thil, 80025 Amiens, France 

Auteur correspondant.

Resumen

Introduction

Depuis quelques années, la quantification de Pneumocystis jirovecii (P. jirovecii) par PCR quantitative (qPCR) dans des échantillons de lavage broncho-alvéolaire (LBA) et l’application de valeurs seuils d’interprétation à cette quantification ont aidé à différencier les diagnostics de pneumonie à Pneumocystis (PPC) et de colonisation pulmonaire. Ainsi, un nombre de copies d’ADN de P. jirovecii situé au-dessous de la valeur seuil inférieure permettrait d’exclure le diagnostic de PPC avec une sensibilité de 100 % tandis qu’un nombre de copies situé au-dessus de la valeur seuil supérieure permettrait de retenir ce diagnostic avec une spécificité de 100 %. Le LBA, considéré comme prélèvement de référence pour détecter P. jirovecii, présente pourtant des contre-indications à sa réalisation. Notre objectif a été de définir et d’évaluer des seuils d’interprétation pour des échantillons recueillis de manière moins invasive.

Matériels et méthodes

Les patients inclus rétrospectivement ont été classés en trois groupes : le groupe « PPC prouvée » incluait les patients chez lesquels l’examen direct du LBA était positif ; le groupe « colonisation » incluait les patients chez lesquels l’examen direct du LBA était négatif et qui avaient présenté une évolution clinique favorable en l’absence de traitement anti-Pneumocystis ; le groupe « diagnostic indéterminé » incluait les patients chez lesquels l’examen direct du LBA était négatif mais qui présentaient des symptômes compatibles avec une PPC ayant motivé l’instauration d’un traitement anti-Pneumocystis. La charge fongique a été déterminée par qPCR dans les couples d’échantillons LBA/non-LBA recueillis chez ces patients. Une corrélation entre la charge fongique des LBA et celle des non-LBA a été recherchée à l’aide du test de Spearman.

Résultats

Vingt-sept couples d’échantillons ont été analysés. Ils avaient été prélevés chez 23 patients dont huit présentaient une PPC (huit LBA et neuf non-LBA), sept n’avaient pas de diagnostic déterminé (sept LBA et 10 non-LBA) et huit étaient colonisés (huit LBA et huit non-LBA). Une corrélation entre la charge fongique des LBA et celle des non-LBA a été mise en évidence (R2=0,6 ; p=2,4×10−5, test de Spearman). Cette corrélation a permis de calculer les seuils pour les non-LBA à partir de ceux préalablement définis par le laboratoire pour les LBA (seuils inférieur et supérieur de 1,6×103 et 2×104 copies/μL). En appliquant les valeurs ainsi obtenues (4,4×102 et 3,5×103 copies/μL), nous obtenons une sensibilité de 100 % au seuil inférieur et une spécificité de 100 % au seuil supérieur pour le diagnostic de PPC dans les échantillons non-LBA.

Conclusion

Ces données permettent d’envisager la possibilité de poser le diagnostic de PPC pour un patient chez qui la réalisation d’un LBA serait contre-indiquée. Ces seuils d’interprétation ne sont toutefois qu’une aide pour le biologiste et le dialogue clinico-biologique reste indispensable.

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Vol 27 - N° 3

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