Pneumonie et colonisation par Pneumocystis jirovecii : comparaison de la charge fongique dans différents types d’échantillons respiratoires et détermination de seuils de quantification par PCR - 16/09/17
Resumen |
Introduction |
Depuis quelques années, la quantification de Pneumocystis jirovecii (P. jirovecii) par PCR quantitative (qPCR) dans des échantillons de lavage broncho-alvéolaire (LBA) et l’application de valeurs seuils d’interprétation à cette quantification ont aidé à différencier les diagnostics de pneumonie à Pneumocystis (PPC) et de colonisation pulmonaire. Ainsi, un nombre de copies d’ADN de P. jirovecii situé au-dessous de la valeur seuil inférieure permettrait d’exclure le diagnostic de PPC avec une sensibilité de 100 % tandis qu’un nombre de copies situé au-dessus de la valeur seuil supérieure permettrait de retenir ce diagnostic avec une spécificité de 100 %. Le LBA, considéré comme prélèvement de référence pour détecter P. jirovecii, présente pourtant des contre-indications à sa réalisation. Notre objectif a été de définir et d’évaluer des seuils d’interprétation pour des échantillons recueillis de manière moins invasive.
Matériels et méthodes |
Les patients inclus rétrospectivement ont été classés en trois groupes : le groupe « PPC prouvée » incluait les patients chez lesquels l’examen direct du LBA était positif ; le groupe « colonisation » incluait les patients chez lesquels l’examen direct du LBA était négatif et qui avaient présenté une évolution clinique favorable en l’absence de traitement anti-Pneumocystis ; le groupe « diagnostic indéterminé » incluait les patients chez lesquels l’examen direct du LBA était négatif mais qui présentaient des symptômes compatibles avec une PPC ayant motivé l’instauration d’un traitement anti-Pneumocystis. La charge fongique a été déterminée par qPCR dans les couples d’échantillons LBA/non-LBA recueillis chez ces patients. Une corrélation entre la charge fongique des LBA et celle des non-LBA a été recherchée à l’aide du test de Spearman.
Résultats |
Vingt-sept couples d’échantillons ont été analysés. Ils avaient été prélevés chez 23 patients dont huit présentaient une PPC (huit LBA et neuf non-LBA), sept n’avaient pas de diagnostic déterminé (sept LBA et 10 non-LBA) et huit étaient colonisés (huit LBA et huit non-LBA). Une corrélation entre la charge fongique des LBA et celle des non-LBA a été mise en évidence (R2=0,6 ; p=2,4×10−5, test de Spearman). Cette corrélation a permis de calculer les seuils pour les non-LBA à partir de ceux préalablement définis par le laboratoire pour les LBA (seuils inférieur et supérieur de 1,6×103 et 2×104 copies/μL). En appliquant les valeurs ainsi obtenues (4,4×102 et 3,5×103 copies/μL), nous obtenons une sensibilité de 100 % au seuil inférieur et une spécificité de 100 % au seuil supérieur pour le diagnostic de PPC dans les échantillons non-LBA.
Conclusion |
Ces données permettent d’envisager la possibilité de poser le diagnostic de PPC pour un patient chez qui la réalisation d’un LBA serait contre-indiquée. Ces seuils d’interprétation ne sont toutefois qu’une aide pour le biologiste et le dialogue clinico-biologique reste indispensable.
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Vol 27 - N° 3
P. e24 - septembre 2017 Regresar al númeroBienvenido a EM-consulte, la referencia de los profesionales de la salud.
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