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Yarrowia lipolytica : typage moléculaire et étude de la sensibilité aux antifongiques - 16/09/17

Doi : 10.1016/j.mycmed.2017.04.068 
Nahed Khemakhem 1, Houaida Trabelsi 1, 3, , Sourour Neji 1, Fatma Cheikhrouhou 1, Kamilia Chtara 2, Mabrouk Bahloul 2, Hayet Sellami 1, Fattouma Makni 1, Mounir Bouaziz 2, Ali Ayadi 1
1 Laboratoire de parasitologie-mycologie, CHU Habib Bourguiba, 3000 Sfax, Tunisie 
2 Service de réanimation médicale, CHU Habib Bourguiba, 3029 Sfax, Tunisie 

Auteur correspondant.

Resumen

Candida lipolytica (actuellement connu sous le nom de Yarrowia lipolytica) est une levure émergente omniprésente dans l’environnement. Elle peut être responsable d’infections invasives nosocomiales humaines, en particulier les septicémies associées aux cathéters, chez les patients à risque.

Les objectifs de notre travail ont été d’analyser les conditions favorisant la survenue des septicémies à Y. lipolytica, de typer les souches de Y. lipolytica par PCR-séquençage et PCR-RFLP et d’étudier la sensibilité in vitro de cette levure aux antifongiques.

Patients et méthodes

Il s’agit d’une étude rétrospective rapportant les cas d’infections à Y. lipolytica diagnostiqués au laboratoire de parasitologie-mycologie du CHU Habib Bourguiba de Sfax durant une période de 23 mois (octobre 2012–août 2014).

Nous avons réalisé une étude moléculaire pour 26 souches : PCR-RFLP et PCR-séquençage. Nous avons amplifié les régions ITS à l’aide de deux amorces universelles ITS1 et ITS4. Les enzymes utilisées étaient AfaI et DraI. Pour l’étude de la sensibilité aux antifongiques, nous avons utilisé la méthode du Sensititre YeastOne et l’E-test.

Résultats

Nous avons colligé 64 patients ayant eu une infection à Y. lipolytica. Il s’agissait de 63 cas de septicémies à Y. lipolytica dont 98,4 % provenaient du service de réanimation. L’antibiothérapie à large spectre (100 %), le cathétérisme vasculaire (93,6 %) et le séjour prolongé en réanimation (92 %) étaient les principaux facteurs de risques associés à ces septicémies. La fièvre prolongée résistante à une antibiothérapie à large spectre était le signe clinique le plus fréquemment retrouvé (85,7 %). Le traitement des septicémies à Y. lipolytica a reposé dans la majorité des cas sur le fluconazole en association avec l’amphotéricine B et/ou l’ablation du cathéter vasculaire. Après amplification par PCR, nous avons obtenu une bande de 358 pb pour les 26 souches. La digestion enzymatique de ces souches a généré deux bandes de 142 pb et 215 pb pour l’enzyme AfaI et de 79 pb et 278 pb pour l’enzyme DraI. Le séquençage de 15 souches a donné un seul type de séquence avec un pourcentage de similarité de 99 % avec les séquences de Y. lipolytica déposées dans la banque de données. L’étude de la sensibilité aux antifongiques a montré que Y. lipolytica était sensible au fluconazole dans 47,6 % des cas, à l’amphotéricine B dans 95,2 % des cas, à la caspofungine dans 22,2 % des cas et au voriconazole dans 92 % des cas. Par contre, nos souches étaient résistantes au flucytosine dans 77,7 % des cas et à l’anidulafungine dans 100 % des cas.

Conclusion

Y. lipolytica est un pathogène émergent responsable de septicémies liées aux cathéters.

L’étude épidémiologique est un outil essentiel qui nous a permis de connaître le profil épidémiologique de cette levure et les conditions favorisant la survenue des septicémies à Y. lipolytica dans nos hôpitaux. L’étude moléculaire a permis de résoudre rapidement les difficultés d’identification morphologique. L’étude de la sensibilité aux antifongiques a permis de connaître le profil de sensibilité de nos souches.

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Vol 27 - N° 3

P. e29-e30 - septembre 2017 Regresar al número
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