Le typage par multilocus sequence typing (MLST) permet une caractérisation génotypique précise et reproductible des souches, mais les performances du séquençage Sanger (Sseq) pour la détection de souches minoritaires sont limitées. Or, les infections à différentes souches (infections mixtes) sont fréquentes au cours des pneumonies à Pneumocystis jirovecii (PCP). Le séquençage nouvelle génération (NGS) permet la mise en évidence à la fois des populations minoritaires et majoritaires. Dans ce travail, nous avons étudié l’apport du NGS pour le typage MLST des souches issues de cas groupés (cluster) de PCP chez des patients transplantés d’organe solide (TOS).

Trente-deux patients présentant une PCP au CHU Grenoble-Alpes entre 2012 et 2015 ont été inclus. Parmi eux, 12 TOS (rein, cœur, foie, poumons) appartenaient à un cluster observé entre mai 2014 et août 2015 et 20 patients, épidémiologiquement non reliés entre eux, représentaient le groupe contrôle. Une stratégie MSLT à trois loci (mtLSU, CYTB, SOD) a été adoptée, comprenant, pour des contraintes techniques liées au séquençage NGS, de nouvelles amorces permettant l’obtention d’amplicons d’environ 750 pb. Les souches de 12 des 32 patients ont également été analysées par Sseq en parallèle. Les génotypes obtenus ont été nommés arbitrairement car il n’existait pas d’études préalables utilisant des amplicons étendus de 750 pb.

Parmi les 12 TOS, 5 partageaient un même génotype majoritaire (C2a), regroupant 3 patients transplantés rénaux, un patient transplanté cardiaque et un patient double transplanté rénal et cardiaque. Ce génotype C2a n’a pas été retrouvé dans le groupe contrôle. Toutes populations confondues, la proportion d’infections mixtes était plus élevée avec le NGS (65 %) qu’avec le Sseq (25 %). Si seule la population contrôle (hors cluster) était considérée, cette proportion d’infection mixtes augmentait à 85 %. Le NGS a révélé des infections avec plus de deux souches (53 %), et la présence de souches minoritaires, parmi lesquelles le génotype C2a. Une carte de transmission a confirmé la probable acquisition nosocomiale de PCP. Un sixième patient qui présentait la souche C2a sous forme minoritaire a été inclus dans la carte de transmission. Les séquences étendues de mtLSU ont révélé 4 nouveaux polymorphismes augmentant significativement le pouvoir discriminant de ce locus.

En conclusion, et comme attendu dans ce contexte de PCP, le NGS surpasse les capacités du Sseq pour la détection d’infections mixtes et permet de préciser la carte de transmission. L’utilisation d’un amplicon étendu à 750bp pour le locus mtLSU est intéressante pour augmenter le pouvoir discriminant du schéma MLST. Ce travail ouvre de nouvelles perspectives pour les futures études épidémiologiques de ce champignon non cultivable.