La principale complication septique de la pneumonectomie est le pyothorax. Celui-ci est associé une fois sur deux à une fistule bronchopleurale qui peut être la cause ou la conséquence de ce pyothorax. C'est dire que leur traitement est étroitement lié. Le traitement du pyothorax est la stérilisation de la cavité de pneumonectomie, celui de la fistule sa fermeture. Dans la phase aiguë, le premier traitement est le drainage de la loge de pneumonectomie dont le but est de prévenir l'inondation du poumon controlatéral et d'obtenir un contrôle initial du sepsis local. Secondairement, le contrôle initial du sepsis peut être assuré par l'irrigation-lavage éventuellement associée à une « toilette chirurgicale » de la cavité de pneumonectomie. En cas d'échec une thoracostomie représente souvent la meilleure modalité de contrôle local du sepsis. Cette opération est la technique de choix lorsque le pyothorax s'accompagne d'une fistule. Une fois la phase aiguë contrôlée se pose le problème de l'oblitération de l'espace pleural. Il peut être obtenu par une myoplastie ou une épiplooplastie, éventuellement précédées d'une manœuvre d'affaissement de la poche par une thoracoplastie. Lorsque la poche est de petit volume, il est possible de réaliser une fermeture simple de thoracostomie sur une solution antibiotique (méthode de Clagett). L'utilisation de la thérapie à pression négative est une option pour les cavités sans fistule, car elle accélère la détersion et favorise la rétraction et le bourgeonnement. En pratique, les indications dépendent plus des caractéristiques du patient, de la complication septique et des habitudes du service que d'un algorithme immuable et rigoureux.