Les molécules HLA (human leucocyte antigen) sont au nombre de six : trois molécules de classe I (HLA-A, -B, -C) et trois de classe II (HLA-DR, -DQ, -DP). Avec plus de 10 000 molécules HLA décrites à ce jour, le système HLA constitue le système le plus polymorphe chez l'Homme. Les molécules HLA sont responsables de la reconnaissance du soi et du non-soi et jouent pour cette raison un rôle fondamental dans les greffes de cellules souches hématopoïétiques (CSH). La compatibilité HLA entre le donneur et le receveur en réduisant la réponse allogénique constitue un élément crucial du succès de la greffe de CSH. Le meilleur donneur est le frère ou la sœur identique au receveur pour HLA (greffe géno-identique). En l'absence de donneur géno-identique, on va rechercher un donneur non apparenté phéno-identique 10/10, c'est-à-dire identique pour les dix allèles des cinq gènes HLA-A, -B, -C, -DRB1 et -DQB1. En l'absence de donneur phéno-identique 10/10, la greffe peut être réalisée avec un donneur non apparenté 9/10, un donneur familial haplo-identique ou avec du sang placentaire. Le choix du donneur non apparenté incompatible a été amélioré par l'appréciation du poids respectif des locus HLA dans l'évolution des greffes de CSH et par la détermination du caractère permissif ou non de certaines incompatibilités HLA. Le développement de l'utilisation de cyclophosphamide à forte dose dans les suites immédiates de la greffe pour réduire la réponse allogénique remet en question les indications respectives des greffes dites alternatives (9/10, familiales haplo-identiques ou sang placentaire). Des protocoles prospectifs et comparatifs vont essayer de répondre à cette question. La pratique de greffes de plus en plus incompatibles nous a appris l'importance des anticorps anti-HLA chez le receveur avant greffe sur la non-prise de greffe. Cela impose de faire une recherche d'anticorps anti-HLA chez le receveur dès qu'une greffe non géno-identique est indiquée.