La présence dans le sérum d'autoanticorps (aAc) spécifiques est un élément important dans le diagnostic des maladies auto-immunes du foie, en particulier les hépatites auto-immunes et la cholangite biliaire primitive. Deux aAc permettent en pratique le diagnostic de la cholangite biliaire primitive : les aAc antimitochondries de type 2 et les aAc anti-gp210 des pores nucléaires. L'hépatite auto-immune de type 1 se caractérise par la présence d'aAc antinucléaire, antimuscle lisse de spécificité antiactine et anti-soluble liver antigen (SLA), l'hépatite auto-immune de type 2, par la présence d'aAc anti-liver kidney microsome (LKM1), anti-liver cytosol (LC1). Certains aAc sont des marqueurs de sévérité (anti-SLA, anti-gp210, antirécepteurs à l'asialoglycoprotéine), d'autres peuvent être utiles en suivi de traitement (LKM1, LC1). Cependant, leur présence ne signifie pas nécessairement l'existence d'une hépatopathie auto-immune. Ces aAc peuvent également s'observer dans des pathologies hépatiques non auto-immunes telles que les hépatites médicamenteuses, les cancers, les hépatites virales ou lors d'un rejet d'allogreffe hépatique. L'hépatite virale C, qui s'accompagne fréquemment de désordres immunitaires non spécifiques et parfois de phénomènes d'auto-immunité, représente maintenant, du fait de la fréquence de la maladie, la première étiologie à l'origine d'aAc en pathologie hépatique. Les plus fréquents sont les aAc antimuscle lisse (non actine) et les aAc antinucléaire.