Helicobacter (H.) pylori est l'espèce d'Helicobacter adaptée à l'homme. Cette espèce occupe la niche écologique particulière qu'est l'estomac où elle induit une gastrite. Chez certains sujets, la gastrite peut évoluer vers la maladie ulcéreuse ou un cancer gastrique. Cette évolution peut être due aux facteurs de l'hôte (polymorphisme des cytokines), à des facteurs environnementaux (régime alimentaire) mais surtout aux facteurs de la bactérie (îlot de pathogénicité cag, cytotoxine VacA). Le diagnostic de H. pylori peut être réalisé par des méthodes invasives où des biopsies sont obtenues : culture, examen histologique, polymerase chain reaction (PCR) ou test rapide à l'uréase. Des méthodes non invasives ont été développées, notamment le test respiratoire à l'urée marquée, un test de grande fiabilité, particulièrement adapté pour le suivi post-traitement, mais aussi le test antigénique fécal, ainsi que la détection d'anticorps dans le sérum. La culture est importante pour étudier la sensibilité à la clarithromycine et aux fluoroquinolones.