La enfermedad de Crohn se complica frecuentemente con lesiones anorrectales, perineales y a veces vaginales, cuya incidencia varía en la literatura. En todos los casos, constituyen una complicación grave, ya que tienen una repercusión importante sobre la calidad de vida. Además de las lesiones inflamatorias difusas y de las lesiones primarias como las ulceraciones, fisuras y seudoexcrecencias, de tratamiento esencialmente médico, hay que identificar las complicaciones secundarias, cuyo tratamiento es mixto médico y quirúrgico. El cirujano puede intervenir de urgencia para drenar un absceso y, casi siempre, colocar un drenaje con sedal, ya que una fistulotomía conllevaría un riesgo demasiado elevado de incontinencia por sección del esfínter. También puede intervenir en las complicaciones crónicas. Una fístula anorrectal en la enfermedad de Crohn puede tratarse mediante un drenaje con sedal prolongado si el trayecto es alto o mediante fistulotomía si el trayecto es transesfinteriano bajo o subcutáneo. Las recidivas suelen requerir una opinión especializada, porque puede ser necesario establecer la indicación de la mejor técnica posible según diversos criterios, como el grado de inflamación, el grado de estenosis, la localización de los orificios, el trayecto de la fístula, la calidad del esfínter, el número de fístulas y la asociación o no de una estenosis, corta o larga. Se dispone de varios métodos quirúrgicos para tratar una fístula: colgajo de descenso rectal, inyección de adhesivo biológico, inserción de tapón (plug) o de colágeno, ligadura interesfinteriana del trayecto fistuloso, realización de un colgajo de Martius o de una graciloplastia; la inyección de células mesenquimatosas autólogas y la utilización de clips metálicos son métodos aún demasiado recientes para utilizarlos de rutina. Las estenosis anales o rectales requieren dilataciones repetidas y, en caso de recidiva, el especialista valorará la oportunidad de una plastia. En algunos casos de enfermedad de Crohn avanzada, es posible que se proponga al paciente una ostomía temporal y, si las lesiones son irreversibles, una amputación abdominoperineal. El carácter crónico e invalidante de la enfermedad, así como la variedad de tratamientos quirúrgicos propuestos para una misma lesión, hacen que el paciente tenga que participar en la decisión del tratamiento médico-quirúrgico. La asociación de una ostomía al tratamiento inmunosupresor y con anti-TNF alfa puede permitir obtener mejor calidad de vida que la que se lograría tras repetidas intervenciones bajo anestesia general.