Les malformations du tube digestif forment en fréquence le troisième groupe d'anomalies après les malformations rénales et celles du système nerveux central. Leur incidence est estimée à 1/3000-4000 naissances. Elles sont caractérisées, pour la grande majorité, par une symptomatologie obstructive en période anté- et postnatale. Leur traitement est chirurgical dans un délai plus ou moins urgent en fonction des étiologies et du niveau de l'obstruction. Certaines surviennent très précocement dans le développement et sont donc appelées embryopathie (avant 10 semaines d'aménorrhée [SA]). Elles peuvent alors s'accompagner d'un cortège d'autres malformations locales ou générales qu'il convient de dépister. D'autres se constituent plus tardivement dans la grossesse et correspondent à des fœtopathies (au-delà de 10 SA). À la naissance, hormis l'examen clinique initial, la radiographie thoracoabdominale sans préparation permet d'orienter la poursuite des explorations radiologiques avant de décider de la stratégie chirurgicale. Ne sont pas traitées dans cet article les malformations coliques (atrésie colique, duplication colique, malformations anorectales, maladie de Hirschsprung, pseudo-obstruction intestinale chronique) qui sont développées dans des articles spécifiques de l'Encyclopédie médicochirurgicale.