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Molecular identification of Fusarium species complexes: Which gene and which database to choose in clinical practice? - 29/03/19

Doi : 10.1016/j.mycmed.2019.01.003 
Benoît Thomas a, c, Nelly Contet Audonneau a, Marie Machouart a, b, Anne Debourgogne a, b,
a Laboratoire de parasitologie mycologie, CHRU de Nancy, université de Lorraine, 54000 Nancy, France 
b SIMPA, université de Lorraine, 54000 Nancy, France 
c Laboratoire de biologie médicale, hôpitaux privés de Metz, 13, rue de la gendarmerie, 57000 Metz, France 

Corresponding author. Service de parasitologie mycologie, hôpitaux de Brabois, CHRU de Nancy, 11, allée du Morvan, 54511 Vandœuvre-les-Nancy, France.Service de parasitologie mycologie, hôpitaux de Brabois, CHRU de Nancy11, allée du MorvanVandœuvre-les-Nancy54511France

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Abstract

Identification of Fusarium at the level of the species complex is difficult with phenotypic methods, so it is necessary to use molecular sequencing methods. This study presents, for 33 isolates distributed among the four major species complexes, the performance of five identification schemes involving ITS (internal transcribed spacer), EF1α (translation elongation factor 1 alpha), RPB1 (largest subunit of RNA polymerase) and RPB2 (second largest subunit of RNA polymerase) genes and two databases: GenBank and Fusarium MLST (MultiLocus Sequence Typing). In our practice, the identification of the fungus from a culture is performed with EF1α and from a primary sample with ITS, using in both cases the specific database Fusarium MLST.

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Keywords : Fusarium species complex, Molecular identification, Fusarium MLST, EF1α


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Vol 29 - N° 1

P. 56-58 - avril 2019 Regresar al número
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