À ce jour, le risque transfusionnel infectieux lié aux agents transmissibles par le sang est considéré comme maîtrisé en France. En revanche, la transmission d’agents infectieux émergents, qu’ils soient connus ou non encore portés à notre connaissance, constitue une menace réelle. L’analyse du virome plasmatique, par métagénomique, de donneurs de sang vivant dans des zones géographiques à haut risque d’émergence constitue une parfaite approche pour l’identification sans a priori d’un risque viral émergent pouvant compromettre la sécurité transfusionnelle. Dans le cadre d’un programme de recherche financé par l’ANSM, plus de 900 dons de sang collectés entre 2011–2012 dans 7 pays d’Afrique sub-saharienne, et en 2016 en Amazonie Brésilienne ont été analysés jusqu’à ce jour. Si aucune séquence virale qui puisse être qualifiée de nouvelle n’a été mise en évidence, nous avons en revanche identifié en Mauritanie chez deux donneurs des séquences non attendues d’un Bocavirus Félin. Une grande diversité de virus connus et ne faisant pas partie des agents dépistés a également été observée parmi lesquels les Anellovirus, le HPgV-1, des papillomavirus, Herpes virus, Parvovirus B19, virus du chikungunya, enterovirus, ou encore des petits virus circulaires (circovirus, cyclovirus, gemycircularvirus). Aucune différence significative en termes d’identification virale n’a été observée entre l’Afrique et le Brésil. Ainsi, la non-identification d’agents viraux inconnus sur les deux continents explorés constitue une situation rassurante pour l’émergence de demain. Néanmoins, une veille continue sur des biothèques constituées en prospectif demeure justifiée.