La quantification du chimérisme donneur chez le receveur, après allogreffe de cellules souches hématopoïétiques (aCSH), est importante pour la prise de greffe et pour le suivi de la maladie résiduelle. Aujourd’hui, il existe deux techniques complémentaires, l’une basée sur l’analyse de taille de microsatellite (STR) et l’autre par la quantification de marqueurs polymorphiques par qPCR. Mais, leur utilisation est limitée par leur gamme d’analyse (STR : 80–30 %, qPCR : 30–0,1 %). La droplet digital PCR (ddPCR) pourrait être une alternative. Son principe est basé sur la division du mélange de PCR en des milliers de microréactions (positives et négatives) qui sont quantifiées de manière absolu grâce aux statistiques de Poisson. Cette technique a été développée au laboratoire HLA EFS PACC pour quantifier le chimérisme à partir de réactifs « maison » et de réactifs commerciaux (IMEGEN®). Trois types de marqueurs (chr.Y, hétérozygote et homozygote) ont été étudiés avec le lecteur de gouttelettes QX200 (BioRad®). Des dilutions d’ADN informatifs de couples donneur/receveur ont montrés que la fiabilité des Résultats s’étendait dans une gamme de 0,03–80 % quels que soient les marqueurs. La méthode est répétable et reproductible (CV<20 %). De manière intéressante, les Résultats de chimérisme chez les patients étaient comparables entre les trois techniques et étaient identiques quels que soient les réactifs utilisés. Cette étude montre que la quantification du chimérisme par ddPCR est fiable et robuste. Par l’étendue de sa gamme d’analyse, la ddPCR peut remplacer les deux techniques existantes. Finalement, la ddPCR est économique et très facile à mettre en place au sein d’un laboratoire.