Étude transcriptomique dans les réactions post-transfusionnelles plaquettaires - 16/07/19
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Resumen |
Introduction |
Les plaquettes jouent un rôle essentiel dans l’hémostase et la thrombose. Malgré la mise en œuvre de la leucoréduction, les effets indésirables receveurs (EIR) n’ont pas disparu. Le but de ce travail est de caractériser l’ensemble des modifications du transcriptome plaquettaire dans les mélanges de concentrés plaquettaires (MCP) impliqués dans un EIR.
Méthodes |
Une analyse transcriptomique des plaquettes a été réalisée dans 6 MCP associés à l’apparition d’un EIR versus 6 témoins appariés. Le séquençage a été réalisé avec la technologie Ion-Proton®, l’alignement des reads avec le logiciel STAR sur le génome de référence hg19, la quantification des gènes à l’aide de l’algorithme EM du logiciel Partek® Flow. Les packages R (DESeq2, Edge R, Limma voom) ont été utilisés pour les analyses statistiques. Les protéines codant pour les gènes différentiellement exprimées (DE) qui impactent sur les processus biologiques (BP) et sur les voies de signalisation ont été étudiées via une analyse d’interaction gène-gène (String db) et une analyse fonctionnelle (PANTHER).
Résultats |
Soixante dix neuf gènes significativement DE (p>0,05) ont été identifiés. Un réseau constitué de 15 gènes fortement connectés a été mis en évidence, avec SPTBN1 comme gène hub. L’analyse fonctionnelle révèle, entre autre, un enrichissement de la voie de transduction du signal impliquant RHOC et ARHGAP30 (retrouvés en interaction dans String db).
Conclusion |
Des modifications profondes du transcriptome des MCP ont été observées. Ces observations renforcent l’idée que l’apparition d’un EIR puisse être associée à la modification de la structure plaquettaire et plus précisément par remodelage de son cytosquelette.
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