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Étude transcriptomique dans les réactions post-transfusionnelles plaquettaires - 16/07/19

Doi : 10.1016/j.tracli.2019.06.176 
Danielle Awounou 1, Céline Barlier 1, Jocelyne Fagan 1, 2, Franck Salin 3, Christophe Boury 3, Isabelle Lesur 3, Saliou Thiam 1, Christiane Mounier 4, Emmanuelle Tavernier 4, Hind Hamzeh-Cognasse 2, Fabrice Cognasse 1, 2, Olivier Garraud 2, 5, Sandrine Laradi 1, 2,
1 Établissement Français du Sang (EFS) Auvergne-Rhône-Alpes, Saint-Étienne, France 
2 GIMAP – EA3064, faculté de médecine, Université de Lyon, Saint-Étienne, France 
3 INRA, UMR 1202 Biodiversité Gènes et Ecosystèmes, plateforme génomique, Cestas, France 
4 ICLN-Cancerology Institute Lucien-Neuwirth, Saint-Priest-En Jarez, France 
5 INTS – Institut national de la transfusion sanguine, Paris, France 

Auteur correspondant.
En prensa. Pruebas corregidas por el autor. Disponible en línea desde el mardi 16 juillet 2019

Resumen

Introduction

Les plaquettes jouent un rôle essentiel dans l’hémostase et la thrombose. Malgré la mise en œuvre de la leucoréduction, les effets indésirables receveurs (EIR) n’ont pas disparu. Le but de ce travail est de caractériser l’ensemble des modifications du transcriptome plaquettaire dans les mélanges de concentrés plaquettaires (MCP) impliqués dans un EIR.

Méthodes

Une analyse transcriptomique des plaquettes a été réalisée dans 6 MCP associés à l’apparition d’un EIR versus 6 témoins appariés. Le séquençage a été réalisé avec la technologie Ion-Proton®, l’alignement des reads avec le logiciel STAR sur le génome de référence hg19, la quantification des gènes à l’aide de l’algorithme EM du logiciel Partek® Flow. Les packages R (DESeq2, Edge R, Limma voom) ont été utilisés pour les analyses statistiques. Les protéines codant pour les gènes différentiellement exprimées (DE) qui impactent sur les processus biologiques (BP) et sur les voies de signalisation ont été étudiées via une analyse d’interaction gène-gène (String db) et une analyse fonctionnelle (PANTHER).

Résultats

Soixante dix neuf gènes significativement DE (p>0,05) ont été identifiés. Un réseau constitué de 15 gènes fortement connectés a été mis en évidence, avec SPTBN1 comme gène hub. L’analyse fonctionnelle révèle, entre autre, un enrichissement de la voie de transduction du signal impliquant RHOC et ARHGAP30 (retrouvés en interaction dans String db).

Conclusion

Des modifications profondes du transcriptome des MCP ont été observées. Ces observations renforcent l’idée que l’apparition d’un EIR puisse être associée à la modification de la structure plaquettaire et plus précisément par remodelage de son cytosquelette.

El texto completo de este artículo está disponible en PDF.

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© 2019  Publicado por Elsevier Masson SAS.
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