La chimioprophylaxie des maladies infectieuses est l'utilisation d'un antibiotique, d'un antiviral, d'un antifongique ou d'un antiparasitaire dans le but de prévenir la survenue d'une maladie infectieuse dans des situations à risque bien précises. Cette prophylaxie peut être débutée soit avant le contact avec l'agent pathogène (prévention de l'endocardite, du paludisme), soit après contact avec l'agent infectieux afin de diminuer le risque de développer une maladie aux germes considérés (méningites, diphtérie, coqueluche, infections à streptocoque A, tuberculose maladie, varicelle, grippe, etc.). Les personnes immunodéprimées (transplantées d'organe solide, greffées de cellules souches hématopoïétiques, sous chimiothérapie et corticothérapie, les personnes aspléniques et les femmes enceintes) sont à risque majeur d'infections sévères et relèvent d'une chimioprophylaxie prolongée selon les situations. Ces infections peuvent être liées à une réactivation d'une infection latente. La prophylaxie repose sur une chimiothérapie dirigée contre les pathogènes mais aussi sur la mise à jour du calendrier vaccinal.