Le microbiote (qui regroupe l'ensemble des micro-organismes, bactéries, virus, champignons, archées, qu'on retrouve au niveau du corps humain) contribue à l'apparition et à la progression des maladies hépatiques. Ces micro-organismes peuvent avoir un effet hépatique direct ou à travers divers métabolites d'origine microbienne. Au niveau hépatique, les micro-organismes ou certains de leurs motifs peuvent être reconnus par des récepteurs spécifiques (pattern recognition receptors [PRR]), comme par exemple les Toll-like receptors (TLR). Les cellules du foie ont également de nombreux récepteurs pour des métabolites bactériens tels que les acides biliaires, les acides gras à chaîne courte ou des dérivés d'indole. Lorsque ces récepteurs sont activés, ils induisent une production de cytokines pro-inflammatoires et par la suite une inflammation hépatique. Inversement, le foie peut également modifier la composition du microbiote intestinal, par exemple via la synthèse d'acides biliaires. Ces éléments constituent l'axe intestin-foie. Cette revue présente, dans un premier temps, les modifications du microbiote intestinal associées aux maladies hépatiques, puis décrit les principaux mécanismes par lesquels le microbiote induit des modifications au niveau hépatique. Enfin, la possibilité d'améliorer la prise en charge des patients atteints de maladies hépatiques, en modulant le microbiote, est discutée.