L'« épidémie » de maladies chroniques est un défi majeur pour l'ensemble des pays. Elle s'explique par le vieillissement de la population, par des facteurs environnementaux et par les progrès de la médecine permettant de les traiter mais non de les guérir. Elle touche en France 20 millions de personnes. Les défis sont nombreux concernant la recherche, la prévention, le coût, les inégalités sociales, l'organisation du système de soin en particulier la place du premier recours, les nouveaux métiers de la santé, le rôle des patients dits « experts » ou « ressources », la qualité des soins, la télémédecine, la formation des professionnels... Mais le problème majeur est d'ordre épistémologique. Le traitement des maladies chroniques et leur prévention relèvent de la troisième médecine à côté de la première médecine consacrée aux maladies aiguës bénignes et aux gestes techniques simples et de la deuxième médecine consacrée aux maladies aiguës graves et aux gestes techniques complexes. Cette troisième médecine se caractérise par la nécessité pour le patient de changer des comportements dans la durée. Elle implique des rapports différents entre soignants et soigné, et entre médecins et paramédicaux. Elle suppose un autre rapport au temps. Elle nécessite une formation spécifique des professionnels et une éducation thérapeutique du patient et des aidants. Elle suppose d'autres formes d'organisation et devrait entraîner d'autres modes de rémunération.