Les inhibiteurs de la pompe à protons (IPP) sont l'une des classes thérapeutiques les plus prescrites en ville et à l'hôpital. Longtemps considérés comme dépourvus de toute toxicité en raison de leur spécificité d'action au niveau des pompes à protons gastriques, les IPP ont été incriminés pour la survenue d'effets indésirables liés soit à l'achlorhydrie induite, soit à des effets extragastriques. Malgré la longue liste d'effets secondaires potentiels des IPP, la qualité des preuves rapportées dans la littérature pour ces associations reste faible. Les différences minimes notées entre les groupes d'utilisateurs d'IPP et de non-utilisateurs rendent l'interprétation des études rétrospectives difficile. Certains de ces effets secondaires semblent incontestables tandis que d'autres pourraient résulter de biais méthodologiques relevés dans des études observationnelles souvent rétrospectives. Le bon usage est la meilleure stratégie pour limiter la survenue d'effets secondaires liés à la prescription à long terme d'IPP. Il est important d'éviter de prescrire les IPP lorsqu'ils ne sont pas indiqués et de les prescrire à la dose minimale efficace lorsqu'ils le sont. Au vu de la littérature actuelle sur les effets secondaires des IPP, il n'est pas légitime d'envisager d'arrêter un traitement indiqué et utile. Malgré l'absence de consensus, des mesures préventives peuvent être proposées en cas de traitement de longue durée. Les objectifs de cette revue ont été de rapporter les effets secondaires associés à l'utilisation à long terme des IPP et d'aider les praticiens à évaluer les risques et les avantages des IPP.