En ce début du xxi^e siècle, l'actualité est constamment marquée par des épidémies ayant un impact sanitaire important. Ces épidémies liées à des agents infectieux le plus souvent émergents sont fréquemment associées à un risque de transmission interhumaine potentiellement élevé défiant ainsi, avec les moyens de transport croissants, toute limite géographique. Une infection émergente est définie comme une infection dont l'incidence chez les humains a augmenté au cours des deux dernières décennies ou dont le risque d'augmentation de l'incidence est vraisemblable dans un futur proche. En France, de nombreux plans ont été élaborés afin d'anticiper et de faire face à une éventuelle épidémie liée à une infection émergente. Les agents infectieux émergents de forte menace épidémique sont considérés comme étant à haut risque de dissémination et de transmission interhumaine, pouvant être responsables de pathologies graves et d'une mortalité élevée, ayant un impact majeur en termes de santé publique et nécessitant une réponse prompte et adaptée par les services de santé publique. De la rapidité du diagnostic dépendent l'alerte des structures sanitaires et la réponse des pouvoirs publics.