Jusqu'à récemment, l'imagerie par résonance magnétique (IRM) a joué un rôle limité dans l'étude du tube digestif. Ceci était dû aux temps longs d'acquisition des examens qui augmentaient les différents artefacts et à l'absence de contraste endoluminal. Les forces de l'IRM sont la résolution élevée en contraste, la bonne sensibilité à l'injection de contraste et l'absence de radiation ionisante. Les images se sont améliorées avec les techniques d'acquisition rapide en apnée et l'utilisation régulière de gadolinium intraveineux. L'IRM possède une utilité particulière pour la définition de l'extension et de la sévérité des pathologies inflammatoires ainsi que le staging des cancers digestifs.