L'analyse à grande échelle de l'expression des gènes à l'aide des puces à ADN est en plein essor dans de nombreux domaines de la biologie et se développe désormais en rhumatologie. À travers cette revue, nous souhaitons expliquer le principe et l'intérêt d'un tel outil dans notre discipline. Jusqu'en 1995, l'étude de l'expression des gènes était limitée à quelques transcrits, mais l'avènement des puces à ADN permet aujourd'hui d'étudier les fluctuations d'expression de plusieurs milliers de gènes à la fois et ouvre donc la voie à l'analyse exhaustive du « transcriptome », c'est-à-dire l'ensemble des transcrits d'une cellule ou d'un tissu dans une situation donnée. Quel que soit le procédé utilisé (macro- ou microarrays ou oligo-chips), le principe de cette technique repose sur l'utilisation d'un jeu ordonné de sondes ADNc immobilisées sur lesquelles est hybridé l'ensemble des ARNm rétrotranscrits marqués, issus d'un échantillon cellulaire ou tissulaire. L'étape finale vise à comparer le niveau de chaque ARNm entre deux ou plusieurs échantillons. En rhumatologie, l'analyse du transcriptome a pour double objectif i) d'identifier des profils d'expression caractéristiques d'une pathologie et de les exploiter en tant que marqueurs diagnostiques ou pronostiques ; ii) de regrouper des gènes ayant une fluctuation d'expression similaire pour préciser le nombre et l'identité des acteurs impliqués dans des cascades de régulations intracellulaires connues voire d'identifier de nouvelles voies régulatrices.

Large-scale analysis of gene expression with cDNA arrays is spreading over many biological fields, including rheumatology. In this report, we wish to explain the principle and main advantages of this tool in the context of our discipline. Until 1995, analysis of gene expression was conducted for a few genes at a time but DNA chips now allow one to monitor the expression of thousands of genes in a single experiment and analyze the transcriptome, i.e. the whole of the transcripts in a given cell or tissue. Whatever the platform used (macro- or microarrays, oligo-chips), this technology rests upon the hybridization of i) a set of cDNA clones tethered to a solid support (nylon or glass) as probes, and ii) labelled cDNAs that are reverse-transcribed from bulk mRNAs extracted from a cell or tissue sample as a target. The end result is information on the relative abundance of every mRNA between two or more samples. The transcriptome analysis has two main objectives in rheumatology: i) identifying a gene expression profile that is a hallmark of a pathology and using it for a diagnostic or prognostic purpose, and ii) gathering genes with similar changes of expression, which allows one to specify the identity of novel proteins involved in a well-known intracellular cascade of regulation or even to identify new cascades.