Depuis 2020, les plateformes, AURAGEN (Sud) et SeqOIA (Nord), permettent le séquençage du génome entier dans le cadre du diagnostic. En dermatologie, trois pré-indications ont été retenues : neurofibromatoses, génodermatose cliniquement identifiée et dont le diagnostic moléculaire reste incomplet (ex : ichtyose), ou dont le gène n’est pas analysé sur un panel en France (ex : cutis laxa) et génodermatose dont le phénotype ne permet pas d’orienter l’analyse moléculaire. Rappelons que les panels utilisés en dermatologie permettent de résoudre 80 % des dossiers soumis. Nous analysons, ici, les indications et les résultats et identifions certains des écueils rencontrés après 4 ans de pratique.

Analyse rétrospective des données clinicobiologiques des dossiers acceptés pour séquençage du génome entier sur les deux plateformes. Ont été analysés les indications, les résultats moléculaires, les dossiers conclusifs et les dossiers non conclusifs.

Depuis 2020, les analyses de 163 dossiers ont été rendues (Auragen=58 ; SeqOIA=105). Les motifs d’analyse étaient : panel ciblé non conclusif (n=104), second variant non identifié (n=20), génome entier de première intention (n=36). Les principaux diagnostics étaient : dysplasie ectodermique et incontinentia pigmenti (n=26), neurofibromatose (n=19), anomalie du tissu conjonctif et cutis laxa, (n=14), albinisme (n=12), anomalie des phanères (ongles ou cheveux, n=12), taches café au lait isolées (n=11). L’analyse moléculaire a été conclusive dans 59 dossiers dont: dysplasie ectodermique (n=16/20), neurofibromatose (n=8/19), anomalie du tissu conjonctif et cutis laxa, (n=4/14), albinisme (n=6/12), anomalie des phanères (ongles ou cheveux, n=8/12). Elle n’a jamais été conclusive pour les taches café au lait isolées ou l’incontinentia pigmenti.

L’analyse moléculaire par génome entier a redressé ou permis le diagnostic clinique (n=3 ; cutis laxa et dyschromatose au lieu d’ichtyose et poïkilodermie et association trichothiodystrophie-xeroderma pigmentosum), l’identification de mécanismes moléculaires complexes (n=3) ou des gènes jamais associés à une pathologie humaine (n=2).

Au terme de cette première étape, nous pouvons souligner l’importance centrale d’une description phénotypique précise, du partenariat clinicien–biologiste et les difficultés inhérentes aux diagnostics prédéfinis (codes HPO par exemple). L’absence d’identification de variant délétère (2/3 des patients) illustre la complexité des mécanismes moléculaires en cause, la possibilité de formes mosaïques et l’importance de la discussion des dossiers.

Si l’analyse du génome entier a enregistré de nombreux résultats positifs, la concertation, la caractérisation phénotypique et les mécanismes moléculaires complexes sont au cœur des futurs succès.