Le diagnostic positif d'un rhumatisme inflammatoire repose sur un ensemble de signes cliniques et biologiques, parfois histologiques. Des critères de classification ont été proposés, soit par des sociétés savantes d'un pays, soit par des groupes d'experts internationaux, plus rarement par un seul expert, pour permettre un langage commun dans les essais thérapeutiques ou les publications médicales et scientifiques internationales. Ces critères de classification sont très (trop ?) souvent utilisés pour le diagnostic individuel, mais ils sont inadaptés pour une telle fonction. Disposer d'un marqueur séro-immunologique précoce, à la fois sensible et spécifique pour correctement classer un individu souffrant d'un rhumatisme inflammatoire débutant est une gageure. La connaissance de paramètres comme la sensibilité, la spécificité, la valeur prédictive (positive et négative) et enfin le rapport, ou quotient de vraisemblance (likelihood-ratio), positif ou négatif aide à situer l'intérêt d'un examen biologique dans un but diagnostique face à une situation donnée. La différence entre la probabilité pré- et post-test d'un résultat (positif ou négatif) mesure l'intérêt ou la performance d'un examen biologique dans une situation donnée et en fonction de la prévalence d'une affection. L'apport d'un examen sera d'autant plus grand que le quotient de vraisemblance positif sera élevé. Devant un rhumatisme inflammatoire, il est possible de raisonner à partir d'un nombre limité de recherches d'auto-anticorps ; on proposera l'arbre décisionnel suivant : facteurs rhumatoïdes IgM (test au latex ou Elisa) associé à une recherche d'anticorps anti-filaggrine ou autre molécule citrullinée (anti-kératine en IFI, ou anti-peptides cycliques citrullinés en Elisa) dépisteront > 70 % des PR débutantes avec une excellente spécificité (> 98 %). En l'absence de tels marqueurs, la recherche des anticorps antinucléaires (AAN) par IFI sur frottis de cellules HEp-2 permet de dépister 99 % des lupus et des sclérodermies systémiques. La confirmation viendra de la caractérisation des auto-anticorps dépistés : anti-ADN natif (test RIA de Farr, IFI sur Crithidia luciliae, ou Elisa (IgG) et anti-nucléosomes (test Elisa) pour le lupus, anticorps anti-centromère, topo-isomérase I (Scl70) et antinucléoles pour les sclérodermies systémiques. La présence d'anticorps anti-antigènes nucléaires solubles type U1 RNP évoque une connectivite mixte ou un lupus, rarement une sclérodermie. Les anti-Sm sont rares (< 10 %) mais spécifiques du lupus. Les anti-SSA (Ro) et SSB (La) évoquent un lupus ou un syndrome de Sjögren primitif. En l'absence d'AAN, divers anticorps anti-organelles cytoplasmiques ont une excellente valeur diagnostique : anti-JO1 et syndrome polymyositique, antiribosome et lupus, même si leur sensibilité est modérée (25 et 20 %). Enfin, les ANCA, anticytoplasme de polynucléaires neutrophiles humains permettent le diagnostic de vascularite des petits vaisseaux touchant souvent les poumons et le rein tels que la maladie de Wegener diffuse et la PAN microscopique : dans le premier cas, il s'agit d'ANCA d'aspect classique correspondant en Elisa à des anti-PR3. Dans la PAN microscopique, il s'agit d'ANCA de type périphérique correspondant en Elisa à des anti-MPO (myéloperoxydase). Il est plus rare d'avoir recours à d'autres recherches d'auto-anticorps devant un rhumatisme inflammatoire.