Se deben diferenciar las conjuntivitis del recién nacido de las del niño, ya que existen particularidades propias de cada franja etaria. Se deben tener en cuenta las infecciones de transmisión sexual en el recién nacido, así como la imperforación de los conductos lagrimales en caso de lagrimeo diario del lactante. En el niño mayor, las conjuntivitis infecciosas requieren generalmente un tratamiento sintomático y el cumplimiento de normas higiénicas para limitar la transmisión a través de las manos. Solo se recurre a los antibióticos tópicos en caso de signos de gravedad. El tratamiento es empírico en un primer momento y no requiere una toma de muestras. La base del tratamiento de las alergias consiste en evitar el alérgeno y realizar lavados abundantes.