La classification des champignons d'intérêt médical fait l'objet d'une révision taxinomique régulière au fur et à mesure de l'acquisition de nouvelles données issues de la biologie moléculaire, complétant avantageusement les études ultrastructurales et biochimiques déjà très discriminantes. L'objet de ce travail est de faire le point sur cette question en s'appuyant sur l'origine des champignons au sein du vivant, notamment de la place de LUCA et des Eumycètes « vrais champignons » au sommet de l'arbre des Eucaryotes. La classification des champignons proposée ici est la synthèse des données actuelles issues de la littérature en respectant la hiérarchie taxinomique et ses subdivisions. Ne sont abordés ici que les champignons d'intérêt médical ou vétérinaire, les Eumycètes.