Les atteintes infectieuses du tractus digestif supérieur sont rares, représentées essentiellement par des atteintes de l'oesophage. Ces oesophagites microbiennes surviennent surtout sur un terrain prédisposé, notamment chez des malades ayant des anomalies fonctionnelles et/ou quantitatives de la lignée granuleuse ou des macrophages qui constituent la première barrière à l'invasion par des germes du milieu extérieur. L'infection par le virus de l'immunodéficience humaine, responsable notamment d'anomalies fonctionnelles macrophagiques, constitue le principal facteur de risque de développement d'une oesophagite infectieuse. Bien que son incidence ait diminué du fait des thérapies antirétrovirales puissantes (HAART), la candidose oesophagienne reste une des principales infections opportunistes du sida. La pathologie oesophagienne a grandement bénéficié des découvertes réalisées dans le cadre de l'infection par le virus de l'immunodéficience humaine, notamment en matière de diagnostic et de thérapeutique. Le diagnostic de l'oesophagite est porté par l'endoscopie qui montre un aspect macroscopique souvent évocateur de l'agent causal et permet surtout les prélèvements pour analyse microbiologique et anatomopathologique. Les différentes étiologies fungiques, virales, bactériennes et parasitaires, sont successivement détaillées, et les principaux traitements décrits.

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