Deux types de prélèvements bactériologiques peuvent être réalisés chez la femme enceinte : le prélèvement vaginal et le prélèvement endocervical. Le prélèvement vaginal cherche à documenter une vulvovaginite ou une vaginose bactérienne. Il permet également de mettre en évidence un portage asymptomatique de bactéries à haut risque foetal. Le prélèvement endocervical a pour objectif la recherche de germes pathogènes de transmission sexuelle potentiellement dangereux non seulement pour la femme mais encore pour la grossesse et le foetus. Il peut également orienter et étayer l'étiologie dans le cadre du bilan d'une menace d'accouchement prématuré ou d'une chorioamniotite.

L'optimisation des indications et des méthodes de prélèvement, l'analyse critique de leur résultat participent de façon essentielle à la prévention des conséquences graves des infections maternofoetales.