On connaît depuis longtemps le rôle majeur du complexe majeur d’histocompatibilité (CMH) dans la susceptibilité génétique à développer une spondylarthrite ankylosante (SA). On estime que l’antigène HLA-B27 contribuerait à 20 à 50 % du risque génétique total pour cette maladie. Cependant, la susceptibilité à la SA ne peut pas être expliquée entièrement par les liaisons au CMH. Des études récentes de liaisons avec des gènes candidats et, plus récemment, des études de criblage du génome entier ont montré des associations significatives entre la SA et le cluster du gène de l’interleukine-1, le récepteur à l’interleukine-23, les gènes ARTS1, ainsi que d’autres loci possibles. Dans le modèle murin de spondylarthrite induite par des protéoglycanes, deux loci de susceptibilité de la maladie, Pgis1 et Pgis2 ont été identifiés. Ainsi, la SA n’est pas une maladie monogénique. D’autres gènes n’appartenant pas au CMH, ainsi que des facteurs environnementaux influent sur le développement de la SA chez le patient.