Autant qu'à l'emballement de clones lymphocytaires T autoréactifs, beaucoup de maladies auto-immunes pourraient être favorisées par la défaillance de clones T suppresseurs, notamment d'un des sous-groupes de TCD4+ suppresseurs (T à activité anti-idiopeptides, Th3, Tr1, TCD4+CD25+^(high)). Ces faillites des mécanismes de suppression pourraient être en partie primitives (défauts de sélection positive des T suppresseurs dans le thymus), et en partie acquises (secondaires à des infections chroniques facilitées par des défauts de l'immunité innée). La (re) découverte des populations TCD4+ suppressives offre des explications plausibles à de nombreux phénomènes, dont l'induction paradoxale de maladies auto-immunes lors de l'usage de certains immunosuppresseurs ou après thymectomie. Une meilleure connaissance de la physiologie de ces clones T régulateurs pourrait avoir des conséquences thérapeutiques, même s'il est possible que beaucoup des traitements déjà employés (dont les anti-TNF⍺) modulent déjà à la hausse l'activité de certains clones T suppresseurs. L'étude de ces clones suppresseurs est encore balbutiante dans le contexte des polyarthrites rhumatoïdes et sera rendue difficile par la nécessité de repérer les clones les plus importants pour un patient donné, ainsi que par le vieillissement prématuré du répertoire T. Ce dernier, constaté dès le début de la maladie, pourrait être secondaire à une anomalie précoce du fonctionnement thymique favorisant aussi une carence en TCD4+ suppresseurs. Aussi, si la restauration de tels clones suppresseurs défaillants peut suffire à induire des guérisons chez l'animal, un tel résultat risque d'être plus difficile à obtenir chez l'homme, dans le contexte des polyarthrites rhumatoïdes dont les répertoires T sont souvent sénescents.

Although uncontrolled clones of autoreactive T cells play a central role in the pathogenesis of autoimmunity, another mechanism potentially involved in many autoimmune diseases is deficiency of suppressor T cells, most notably those belonging to the antiidiopeptide TH3/Tr1 TCD4+CD25+^(high) subset. Failure of suppressor mechanisms may be in part primary, due to defective positive selection of suppressor T cells in the thymus, and in part acquired, secondary to chronic infections promoted by deficiencies in innate immunity. Renewed interest in suppressor TCD4+ cells has generated plausible explanations for many events including paradoxical induction of autoimmune disorders by immunosuppressive agents or thymectomy. Insights into the physiology of these regulatory T-cell clones might suggest new treatment options, although many currently used drugs (including anti-TNF⍺ agents) enhance the activity of several suppressor T-cell clones. Investigation of these suppressor clones in rheumatoid arthritis is still in its infancy and faces obstacles such as the need for identifying key clones in each individual patient and the presence of T-cell repertoire contraction. This last phenomenon exists at disease onset and may stem from early thymus dysfunction, which may also lead to a reduction in suppressor TCD4+ cell counts. Thus, although restoring deficient suppressor clones may provide a full recovery in animals, the high prevalence of T-cell repertoire contraction in humans with rheumatoid arthritis may severely limit the beneficial effects of this therapeutic approach.