Les conjonctivites constituent un motif très fréquent de consultation. Les tableaux cliniques sont nombreux et polymorphes et les étiologies variées : infectieuse (bactérienne, virale), allergique, liée à un syndrome sec primitif ou secondaire, associée à une rosacée, etc. Si l'examen clinique et l'interrogatoire suffisent à poser un diagnostic dans la majorité des cas, certaines situations aux aspects cliniques peu évocateurs, ou accompagnées de critères de gravité ou de facteurs de risque, nécessitent la contribution du laboratoire pour confirmer l'étiologie et permettre ainsi l'instauration d'un traitement adapté et efficace. Différents examens biologiques, parmi lesquels la biologie moléculaire qui a pris une place importante, peuvent alors être prescrits en fonction du tableau clinique. Certains d'entre eux peuvent être effectués en routine de manière isolée ou dans le cadre d'un véritable bilan de la surface oculaire, d'autres, plus spécialisés, comme la cytofluorimétrie sur empreintes conjonctivales ou la protéomique des larmes, entrent dans le cadre de recherches clinicobiologiques. Cet article a pour but de faire le point sur toutes ces méthodes et un arbre décisionnel des examens biologiques pouvant être prescrits en fonction du tableau clinique y est proposé. Dans tous les cas, la collaboration entre le clinicien et le biologiste reste primordiale, car elle conditionne la qualité de la prise en charge diagnostique et thérapeutique.