Les bactéries anaérobies sont de plus en plus souvent isolées dans de nombreuses infections endogènes. L'amélioration des techniques diagnostiques et l'augmentation des patients à terrains fragiles en sont des explications. En effet, dès lors que les prélèvements, l'acheminement au laboratoire et les méthodes de culture sont effectués selon les règles appropriées, leur isolement devient plus fréquent. La pathogénie de ces bactéries est maintenant bien établie dans de nombreux tableaux cliniques. Les anaérobies sont retrouvées dans de nombreux sites infectieux tels le système nerveux central, la tête, le cou, les poumons, l'abdomen, le pelvis, l'os et les tissus mous. Leur traitement repose le plus souvent sur une antibiothérapie plus ou moins associée à une prise en charge chirurgicale. Les difficultés pour réaliser un antibiogramme imposent de connaître leur sensibilité habituelle aux anti-infectieux et de mener régulièrement des études de résistance afin d'apprécier leur évolution. Compte tenu de l'association dans la majorité des cas des bactéries aérobies aux anaérobies, le choix de l'antibiothérapie doit prendre en compte ces deux types de pathogènes.