L'hypotonie est un symptôme qui s'intègre dans de très nombreuses affections différentes, les unes touchant le système nerveux central qui sont les plus fréquentes, les autres touchant le système nerveux périphérique. La démarche diagnostique repose sur une analyse séméiologique dont le temps principal est la simple observation du nouveau-né ou du nourrisson au cours de mouvements libres ou de jeux spontanés. Le raisonnement clinique vers le diagnostic repose sur l'âge de début, l'évolutivité des signes, l'existence d'un déficit cognitif, celle de troubles de la déglutition, de troubles respiratoires, d'une arthrogrypose et d'une abolition des réflexes ostéotendineux. Une atteinte centrale précoce avec déficit postural, faiblesse des mouvements et absence de déglutition doit faire rechercher un syndrome de Prader-Willi, une maladie de Steinert (qui s'accompagne d'une dystrophie musculaire). Il faut réaliser une imagerie par résonance magnétique (IRM) cérébrale dont les anomalies dirigent la recherche diagnostique ultérieure si les syndromes de Prader-Willi et de Steinert sont exclus. Une lésion de la moelle est possible après manoeuvre obstétricale. Elle est visible sur l'imagerie de la moelle. L'atteinte périphérique la plus fréquente est l'amyotrophie spinale touchant le motoneurone. Elle se caractérise par un déficit évolutif du maintien postural et des mouvements débutant en fin de premier semestre avec conservation de l'attention et des mouvements dirigés des yeux. Les autres atteintes périphériques sont les neuropathies congénitales, les dystrophies musculaires néonatales et les myopathies néonatales. La myasthénie néonatale est soit une conséquence de la myasthénie maternelle et de courte durée, soit congénitale par anomalie d'un des composants de la jonction neuromusculaire. L'aide thérapeutique dans toutes ces affections rares nécessite une équipe multidisciplinaire entraînée.