Les effets secondaires des médicaments doivent toujours être pris en compte comme diagnostic différentiel devant des symptômes digestifs. L'enquête médicamenteuse est un élément capital qui permet au clinicien de suspecter la toxicité d'un agent pharmacologique. Ainsi, les lésions coliques induites par les laxatifs, la diarrhée sous antibiotiques ou anti-inflammatoires non stéroïdiens (AINS) sont bien décrites. En revanche, les mécanismes de la réactivation de colites inflammatoires au cours de traitements par AINS ou des réinfections par Clostridium difficile, malgré des traitements bien conduits, restent mal compris. L'imputabilité d'un symptôme à un médicament répond à des critères stricts, mais les tests de réintroduction restent difficilement envisageables devant des complications graves comme des hémorragies ou des sténoses digestives. Bien que les effets secondaires digestifs apparaissent le plus souvent au début des traitements, certains symptômes sont tardifs et souvent difficiles à attribuer au médicament. L'arrêt du médicament en cause est généralement la première mesure à prendre quand son imputabilité est retenue.

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