La physiopathologie du reflux gastro-oesophagien est multifactorielle. L'ascension intermittente du contenu gastrique, et notamment de l'acide, dans l'oesophage est le déterminant principal des symptômes et des éventuelles lésions muqueuses d'oesophagite. Le reflux excessif du contenu gastrique dans l'oesophage est avant tout la conséquence d'une défaillance de la barrière antireflux qui correspond à la zone de haute pression du sphincter oesophagien inférieur et à la pince diaphragmatique qui l'entoure. La défaillance de cette barrière se traduit par une pression anormalement faible au niveau du sphincter oesophagien inférieur ou surtout par un nombre anormalement élevé d'épisodes de reflux contemporains des relaxations transitoires de ce sphincter. Les anomalies de la motricité oesophagienne ou gastrique, l'agressivité du liquide qui reflue et l'altération de la résistance muqueuse oesophagienne sont aussi des facteurs importants dans la genèse des symptômes et dans la survenue de lésions d'oesophagite.