Le caractère chronique et récidivant de la maladie de Crohn fait qu'au moins 80 % des patients auront recours un jour à la chirurgie. Ce risque dépend de la localisation de la maladie, plus élevé dans les atteintes de l'intestin grêle que dans les localisations colorectales. Le chirurgien doit garder à l'esprit que le risque de récidive doit faire prévaloir le principe d'épargne intestinale. La corticothérapie et la dénutrition sont des facteurs de risque de morbidité postopératoire. Les lésions de l'intestin grêle sont traitées par des résections ou des stricturoplasties. Les indications de résection sont les sténoses, les masses inflammatoires et les fistules symptomatiques, après échec du traitement médical. La présence d'un abcès est une indication à une ponction et/ou un drainage radioguidés. L'intervention est programmée, après un court délai si persistent des symptômes dus à l'obstruction ou à la fistule souvent associées. Les indications des stricturoplasties sont les atteintes diffuses avec des sténoses étagées, les sténoses chez des patients ayant déjà eu des résections intestinales, et les récidives précoces sous la forme de sténose dans l'année qui suit une résection. Les lésions colorectales sont traitées selon leur étendue par des colectomies segmentaires, subtotales ou des coloproctectomies totales avec iléostomie. La coloproctectomie totale avec anastomose iléoanale est contre-indiquée dans la maladie de Crohn. En urgence l'indication principale d'une colectomie vient d'une colite grave résistant au traitement médical ou plus rarement d'une perforation colique ou d'une hémorragie grave. En dehors de l'urgence, l'indication vient principalement des colites réfractaires au traitement médical, des lésions sténosantes symptomatiques ou des sténoses infranchissables en endoscopie. Dans les maladies de Crohn de plus de 15-20 ans, la présence d'un cancer doit être évoquée surtout devant une sténose courte. La présence de dysplasie ou d'un cancer est une indication formelle. La place des stomies de dérivation est réduite.