Les maladies métaboliques résultent le plus souvent d'un déficit enzymatique sur l'une des nombreuses voies métaboliques, dérivées des glucides, protides ou acides gras, ou du trafic intracellulaire. Un déficit enzymatique entraîne l'absence d'un composé situé en aval du déficit et/ou l'accumulation d'un composé toxique situé en amont du déficit. Il se manifeste à tout âge de la vie, le plus souvent en période néonatale, mais aussi dans l'enfance ou à l'âge adulte lorsqu'il s'agit de déficits enzymatiques partiels. Ils sont encore insuffisamment diagnostiqués, en particulier en pathologie adulte où les déficits enzymatiques partiels peuvent donner des tableaux cliniques très variés, notamment des manifestations digestives, des épisodes psychiatriques ou un retard mental. Tout organe peut être atteint, mais les organes cibles privilégiés sont le système nerveux central, le foie, le coeur et le rein. Les tableaux cliniques de révélation précoce et traitables sont le coma néonatal progressif des maladies d'intoxication, l'insuffisance hépatocellulaire des maladies d'intoxication, une défaillance multiviscérale, une myocardiopathie, et/ou un trouble du rythme cardiaque et une hypoglycémie liés à un défaut d'utilisation des graisses. Les autres tableaux cliniques classiques de maladies métaboliques de révélation néonatale sont la grande acidose métabolique, l'encéphalopathie, d'une façon générale toute atteinte d'organe isolée ou multiple (association illégitime de symptômes), rarement les convulsions. Enfin, les hypoglycémies néonatales sont à connaître car elles sont d'origine endocrinienne ou métabolique et sont des urgences thérapeutiques. Un traitement est possible pour un grand nombre de maladies métaboliques. L'absence de traitement entraîne des séquelles très sévères ou le décès. Le traitement est diététique, avec la suppression du composé toxique associée à la reprise de l'anabolisme dans les maladies d'intoxication, l'apport d'un cofacteur qui ne peut être synthétisé ou qui peut pallier le déficit enzymatique, une enzymothérapie apportant l'enzyme manquante, ou encore l'éviction du jeûne et des circonstances conduisant à la décompensation du patient. D'autres maladies métaboliques ne sont pas traitables mais leur diagnostic précis est indispensable pour un conseil génétique et un diagnostic anténatal le plus souvent possible. Des prélèvements d'humeurs et de tissus sont indispensables en cas de décès pour aboutir à un diagnostic.