Les superantigènes sont des protéines aux propriétés antigéniques non conventionnelles puisqu'ils activent des familles entières de lymphocytes T sur la base non pas de leur spécificité antigénique mais sur leur seule appartenance à certaines familles Vβ du récepteur à l'antigène (TCR). Les superantigènes se rencontrent chez plusieurs micro-organismes, dont les virus (par exemple, le virus de la tumeur mammaire de la souris, celui de la rage...). De telles protéines faciliteraient la colonisation de l'hôte et pourraient en cela présenter un intérêt sélectif pour le micro-organisme. En contrepartie, par leur capacité d'activer ou de réactiver des lymphocytes auto-immuns pour peu qu'ils appartiennent à la famille de cellules T Vβ cibles du superantigène, les superantigènes pourraient être à l'origine de pathologies immunes. L'identification récente d'un rétrovirus porteur d'une activité superantigénique chez des patients souffrant de diabète insulinodépendant a réactivé l'hypothèse selon laquelle les superantigènes pouvaient effectivement être des facteurs importants dans le déclenchement de maladies auto-immunes comme la sclérose en plaques ou le psoriasis.

Viral superantigens bind several alleles and isotypes belonging to the MHC class II and subsequently activate particular T cell families via the variable portion of the β chain of TCR. As a result, a superantigen bridges MHC and TCR molecules, leading to activation of T and B cells. The T expansion of various TCR Vβ subsets is triggered on the basis of their Vβ specificity, but not on their antigenic specificity. The best known superantigens are bacterial endotoxins produced by Staphylococcus aureus. However, viruses such as mouse mammary tumor or rabies viruses encode superantigens too. The ability of superantigens to break the barriers of MHC restriction and to activate large numbers of T and B cells has led to the hypothesis that superantigens may activate autoreactive T and B cells to initiate or worsen autoimmune diseases such as diabetes, multiple sclerosis, or psoriasis.