Un groupe de biologistes de la Société française de mycologie médicale (SFMM) a souhaité évaluer les pratiques analytiques des mycologues français car celles-ci nous ont semblé hétérogènes d’un laboratoire à un autre. Une enquête préliminaire descriptive a été menée afin d’en rendre compte, en vue de définir les conditions optimales de l’examen mycologique et d’envisager des recommandations de la part de notre société.

Un questionnaire sur les conditions de l’analyse mycologique a été envoyé aux 227 membres de la SFMM en 2009. Les données recueillies concernaient 21 types de prélèvements, les examens microscopiques directs avec ou sans coloration et leurs réactifs, le nombre de milieux de culture, les types de milieux, la température et la durée totale d’incubation, ainsi que l’existence ou non d’un premier résultat rendu avant la fin de la durée d’incubation. Les conditions analytiques déclarées ont été comparées à celle du laboratoire déjà accrédité selon la norme européenne NF EN ISO 15189.

Une grande hétérogénéité des pratiques d’analyse de mycologie médicale est constatée parmi les 36 établissements ayant répondu dont 27 (75 %) laboratoires de CHU sur les 38 existants en France. Pour les prélèvements profonds, deux examens microscopiques directs sont réalisés par rapport aux autres types de prélèvements où seul un ensemencement est réalisé. Une technique plus sensible que l’examen direct à l’état frais est préférée pour certains prélèvements. Pour ces prélèvements courants, un seul milieu (chromogénique) est ensemencé. Pour les autres, deux milieux sont utilisés pour la culture (chromogénique et Sabouraud antibiotique). Lorsque la température d’incubation est unique, 30°C est la plus fréquente sauf pour les prélèvements dans lesquels la recherche de Candida sp. est privilégiée, elle est alors de 37°C. Lorsqu’il y a deux températures d’incubation, 27 et 37°C sont les plus représentées.

Cette étude permet de positionner la pratique de son laboratoire par rapport à celle des autres et plus spécifiquement à celle du laboratoire déjà accrédité. Elle interroge sur les meilleures stratégies à adopter pour chaque analyse mycologique. Elles seront une aide à la démarche d’accréditation selon la norme européenne NF EN ISO 15189 qui s’applique désormais dans tous les laboratoires en Europe.

The objective of the survey was to describe the practices of clinical laboratories in terms of cultures in medical mycology. We have implemented this project within the members of the French Society for Medical Mycology (SFMM) to evaluate the analytical processes of the mycological examination in our laboratories. This preliminary study would help to suggest the future French guidelines.

A questionnaire regarding the processing of mycology analysis was sent to the 227 members of the SFMM in 2009. The data involved 21 types of samples, direct microscopic examination with or without colouring and the reagents, the number of culture media, the types of media (Sabouraud, Sabouraud antibiotic, Sabouraud cycloheximide and chromogenic medium), temperature and duration of the incubation (days) and the existence of a first result before the end of the incubation period. The analytical processes were compared to an accredited laboratory according to EN ISO 15189.

A great heterogeneity was observed in the 36 forms from 27 (75%) laboratories belonging to university hospitals among the 38 existing in France. As for deep samples, two microscopic exams were performed, only one was usually done. A more sensitive technique was preferred to the wet–mount for some samples. Routine samples are often inoculated on a chromogenic media. For deep samples two medium are inoculated (chromogenic media, Sabouraud and antibiotics). If the temperature of incubation is unique, 30°C was chosen. A temperature of 37°C was preferred for samples where Candida spp. is selected. When there are two temperatures of incubation, 27°C and 37°C were preferred.

Each biologist can compare his proceedings to the other laboratories and to a laboratory already accredited. The question is to find the best strategies for each medical mycology specimen. They will aid the process of accreditation according to EN ISO 15189, which now applies in all laboratories in Europe.