Les infections staphylococciques sont observées dans de multiples situations cliniques, aussi bien en pathologie communautaire qu'en pathologie nosocomiale. Une colonisation par le staphylocoque doré au niveau du nasopharynx et sur la peau est observée dès la naissance et tout au long de la vie. Lorsqu'un site contaminé, cutané ou muqueux, subit un traumatisme accidentel ou chirurgical, Staphylococcus aureus gagne alors les tissus sous-jacents et entraîne une infection locale capable de déborder les mécanismes locaux de la phagocytose. Outre les infections cutanées ou sous-cutanées, les bactériémies à staphylocoque peuvent alors entraîner des infections métastatiques, notamment au niveau de l'endocarde, de l'appareil ostéoarticulaire, du poumon, etc. De multiples facteurs pathogéniques ont été mis en évidence chez S. aureus, impliquant en particulier des phénomènes d'adhésion, de formation de biofilm, d'échappement à la réaction immunitaire, de thrombose vasculaire, de sécrétion de toxines, et de persistance intracellulaire. Les infections causées par les staphylocoques à coagulase négative sont généralement plus torpides, et souvent associées à un corps étranger. Leur physiopathologie, moins bien connue, implique principalement la formation de biofilm et l'échappement immunitaire.