Los datos aportados por la biología molecular y la genómica en los últimos 25 años han esclarecido en parte los fenómenos implicados no sólo en la embriogénesis en general, sino también en lo que se refiere a los órganos concretos que proceden de un esbozo primordial común a pesar de estar formados por distintos tipos celulares, como es el caso del eje hipotalamohipofisario. El desarrollo de la hipófisis, al igual que el del hipotálamo, es un modelo que posee un interés especial ya que el órgano adulto procede de la maduración de distintos tipos celulares a partir de un progenitor común de naturaleza ectodérmica. Estos estudios insisten en la relevancia de los factores de transcripción y de las moléculas de señalización. Tanto los unos como las otras intervienen en los procesos de señalización espacial que actúan sobre gradientes moleculares opuestos. En concreto, existe una verdadera distribución combinatoria responsable de la doble polaridad rostrocaudal y dorsoventral, según la cual los tipos celulares adoptan una localización específica. Además, existen procesos de activación y de represión sobre el código de la transcripción, con la posibilidad de que se produzcan solapamientos más o menos completos entre determinados genes diana. De esta forma, la diferenciación y proliferación celulares están sujetas a tres fenómenos: activación, represión y solapamiento. A esto se añade el descubrimiento de un número creciente de complejos de corregulación, que se integran en el conjunto de las señales informativas que intervienen en la transcripción de los genes.