Pseudomonas aeruginosa est l’agent infectieux le plus problématique pour la pathologie et l’épidémiologie des infections respiratoires au cours de la mucoviscidose. Pour réaliser un suivi, il est indispensable de disposer d’outils de traçabilité des souches. Différentes technologies de typage de souches ont été explorées et proposées au cours des 20 dernières années. Bien que prometteuses, aucune ne répond à l’ensemble des desiderata. Récemment toutefois, une nouvelle technologie basée sur l’analyse du polymorphisme de séquences répétées en tandem (l’acronyme anglais est MLVA) dépasse largement les performances des technologies précédentes en termes de discrimination, reproductibilité, rapidité, coût global.

Nous présenterons ici une étude rétrospective (2004-2005), et prospective (2006-2010), de génotypie de P. aeruginosa isolés chez les patients suivis dans le CRCM (Centre de ressources et compétences de la mucoviscidose) Armand-Trousseau, qui illustrent les performances du MLVA. L’étude a permis de déterminer le génotype des souches de chaque patient, de la primo-colonisation à l’infection chronique, ainsi que des clones trouvés chez les différents patients. Les profils génétiques ont été comparés à ceux de plusieurs centaines de souches d’origine variée permettant l’identification de clones préférentiellement associés à la mucoviscidose. L’utilisation de cette technologie en routine avec des résultats qui alimentent des bases de données accessibles mondialement, permettrait de modifier de façon considérable la façon dont nous pouvons suivre l’origine de ces infections bactériennes et d’intervenir très précocement pour contrôler l’émergence de nouveaux variants.

Pseudomonas aeruginosa is the most problematic infectious agent in respiratory infections of cystic fibrosis patients. To perform a follow-up it is necessary to possess appropriate genetic tools. Different genotyping techniques have been explored and proposed over the past 20 years. Although quite promising none met the expected standards. Recently however, a new protocol based on the analysis of variable number of tandem repeats (VNTR) polymorphism (MLVA) goes largely beyond the other techniques in term of discrimination, reproducibility, speed, global cost.

We show here a retrospective (2004-2005) and prospective (2006-2010) genotyping study of P. aeruginosa isolates from cystic fibrosis patients in the Armand Trousseau cystic fibrosis center, which illustrates the performance of MLVA. This study allowed to determine the genotype of isolates from every patients from primo-colonisation to chronic infection, as well as isolates found in other patients. Genetic profiles were compared to those of hundreds of isolates from different origins allowing the identification of clones preferentially associated to cystic fibrosis. The routine use of this technology with results that feed databases accessible on the web should allow to considerably modify the way we follow the origin of these bacterial infections and to rapidly intervene in order to control the emergence of new variants.