Las diarreas crónicas (>3 deposiciones/d y/o >200 g/d de flujo fecal durante más de 4 semanas) tienen múltiples orígenes. El trabajo de diagnóstico es, antes que todo, de orden clínico. Cuando la causa no resulta evidente, se realiza de manera casi sistemática una colonoscopia con ileoscopia terminal y biopsias, con el fin de diagnosticar enfermedades que comprometen la mucosa (tumores, enfermedades inflamatorias del intestino). Si la clínica sugiere una enfermedad pancreática se empieza por una ecografía y una tomografía computarizada (TC). Las carencias y las manifestaciones sistémicas inducen a buscar en primer término una enfermedad celíaca. Si la clínica no sugiere ninguna orientación diagnóstica se solicita un estudio cuantitativo de las heces y se buscan posibles carencias con el propósito de clasificar la diarrea (malabsorción, enteropatía exudativa, diarrea acuosa [motora, osmótica, secretora]) y solicitar las pruebas diagnósticas específicas. Es indudable que entre los pacientes con estado general conservado prevalecen las diarreas por trastornos funcionales intestinales, pero se trata de un diagnóstico por descarte, al igual que el de las raras diarreas ficticias.