La caractérisation de biomarqueurs d’un état pathologique a bénéficié depuis une décennie de l’explosion des technologies étudiant le protéome, c’est-à-dire l’ensemble des protéines d’un milieu biologique donné à un instant précis. La majorité de ces techniques repose sur une analyse sans a priori de l’échantillon dans le but d’identifier des protéines d’intérêt inconnues en début d’expérience, alors que d’autres consistent à étudier un nombre fini plus ou moins important de protéines connues. Cette revue répertorie les différentes technologies existant actuellement, leurs avantages et leurs limitations ainsi que leur intérêt dans la découverte ou la validation de nouveaux biomarqueurs diagnostiques, pronostiques ou théranostiques.