Les kératomycoses et les infections fongiques endo-oculaires sont difficiles à traiter et de mauvais pronostic ; ce dernier va dépendre de la rapidité du diagnostic et de la mise en route d'un traitement efficace. Le traitement des lésions cornéennes fait appel à des collyres antibiotiques à spectre large, amphotéricine B, natamycin, ou plus spécifiques, des levures fluconazole, flucytosine. Dans les cas graves, en échec thérapeutique, le voriconazole et la caspofungine ont pu être utilisés sous la forme collyre, en dernier recours, sous surveillance car il n'existe pas de recul quant à leur tolérance en usage local. Les infections profondes et les endophtalmies nécessitent un traitement par voie générale ; ces dernières années, l'utilisation du voriconazole et de la caspofungine a permis d'améliorer considérablement le traitement de ces infections.

Keratomycosis and fungal endophthalmitis are difficult to treat and prognosis is usually severe and depends on early diagnosis and treatment. Keratomycosis requires topical treatment with broad-spectrum antimycotics such as amphotericin B, natamycin or more specifics eyedrops for yeasts as fluconazole, 5-flucytosine. In severe infections voriconazole or caspofungin eyedrops have been used on compassionate use basis with careful monitoring of patients because little is known about their possible side effects on the cornea. Deep infections in the stroma and endophthalmitis require a local and systemic treatment. In recent years, voriconazole and caspofungin have improved treatment considerably and allow a better prognosis for these infectious diseases.