Les diarrhées d'origine infectieuse représentent un problème majeur de santé publique du fait, d'une part de leur très grande fréquence, et d'autre part de leur mortalité importante avec plus de deux millions de décès survenant par an, principalement chez les enfants des pays en développement. En France, leur impact en termes de mortalité est bien entendu moindre, mais elles n'en demeurent pas moins responsables d'environ trois millions d'épisodes par an. Leur prise en charge repose d'abord sur une analyse précise de leur sémiologie, permettant de séparer deux grands groupes : les diarrhées invasives responsables d'un syndrome dysentérique caractérisé par une fièvre et l'émission de sang dans les selles, et les diarrhées toxiniques provoquant un syndrome cholériforme fait de l'émission de selles aqueuses, fréquentes, dans un contexte apyrétique. Les examens complémentaires ne sont pas systématiques et ne sont à discuter qu'en cas de diarrhées suspectées invasives ou de diarrhée persistant plus de trois jours malgré un traitement symptomatique bien conduit. Sur le plan thérapeutique, la première étape consiste à dépister et traiter une éventuelle déshydratation. Le traitement antibiotique n'est pas systématique et dépend soit de l'intensité des symptômes, soit du pathogène que les coprocultures ont permis de mettre en évidence. Il est notamment systématique en cas de shigellose ou d'amoebose. Le traitement antibiotique des salmonelloses mineures est par contre réservé à des situations particulières, comme les âges extrêmes, les patients immunodéprimés ou porteurs de lésions vasculaires ou de matériel endovasculaire, ainsi que les patients atteints de drépanocytose. Le reste de la prise en charge repose sur les antisécrétoires qui peuvent être prescrits sans restriction alors que les ralentisseurs du transit doivent être évités au maximum et restent contre-indiqués en cas de suspicion de diarrhée invasive.