Les manifestations respiratoires sont une cause majeure de morbidité et de mortalité chez les patients immunodéprimés. Les causes infectieuses prédominent et les agents responsables varient en fonction du terrain et de la pathologie sous-jacente. Moins fréquentes, les causes iatrogènes doivent être évoquées en fonction des traitements administrés. Certaines manifestations comme les bronchiolites oblitérantes et les pneumonies organisées se rencontrent surtout chez les patients greffés. Enfin, comme chez tous les malades, une complication pulmonaire non spécifique (surcharge vasculaire, tumeur...) est également possible. La diversité des étiologies et leur association éventuelle imposent dans la grande majorité des cas, parfois en urgence, la réalisation d'une fibroscopie bronchique avec lavage bronchoalvéolaire (LBA) qui permettra soit d'orienter le diagnostic, soit de mettre en évidence l'agent infectieux causal. En l'absence d'orientation diagnostique, des prélèvements histologiques (biopsies bronchiques, transbronchiques, transpariétales) peuvent parfois s'avérer nécessaires. Le pronostic dépend en partie de la rapidité du diagnostic et de la mise en route du traitement adéquat.