L'endoscopie est une technique d'exploration qui permet d'observer, mais également d'intervenir au niveau des cavités internes de l'organisme ; les infections liées à leur réalisation appartiennent aux infections associées aux soins, au même titre que les infections du site opératoire et d'autres infections nosocomiales. Leur nombre est faible, estimé historiquement à moins d'une par million d'actes. La quasi-totalité des micro-organismes a été suspectée ou reconnue responsable. Quelle que soit leur nature, exogène ou endogène, ces infections auraient pour la plupart pu être évitées par le strict respect des procédures alors en place : oubli du nettoyage d'un canal lors de la désinfection, contamination de l'eau de rinçage, etc. Paradoxalement, le risque, uniquement théorique, de transmission des agents transmissibles non conventionnels (ATNC), et plus particulièrement du nouveau variant de la maladie de Creutzfeldt-Jakob, domine aujourd'hui la stratégie du traitement des endoscopes en France. Sa prise en compte systématique a abouti dès le début des années 2000 à des bouleversements des procédures de stérilisation et de désinfection. Les patients, les tissus et les actes concernés font régulièrement l'objet de modifications secondaires à l'évolution des connaissances vis-à-vis des ATNC particulièrement résistants aux procédés de désinfection physicochimiques. À ce jour, la prise en charge d'un endoscope a lieu immédiatement après l'acte d'endoscopie ; elle est basée sur un prétraitement, un double nettoyage minutieux, une stérilisation à l'autoclave si l'endoscope résiste aux températures élevées ou une désinfection à froid de niveau adapté à la criticité de l'acte suivie d'un rinçage, séchage et stockage si l'endoscope est thermosensible. L'automatisation des procédures et l'informatisation complète des traçabilités permettront à terme de faciliter une gestion très chronophage. Depuis 2007 des contrôles microbiologiques systématiques ont été imposés en sus de la maîtrise de la qualité des eaux utilisées ; ils viennent compléter les formations et audits réalisés régulièrement pour garantir la sécurité de ces actes. Des alternatives aux procédures actuelles comme l'utilisation de gaines à usage unique ou de nouveaux détergents/désinfectants, associées aux nouvelles connaissances concernant la physiopathologie des maladies émergentes permettront de continuer à garantir un niveau de risque extrêmement faible tout en restant économiquement viable.